La seconda fase dell'SFMR ("Sistema Ferroviario Metropolitano Regionale") è in progetto e interessa le tratte Quarto d'Altino-Portogruaro, Treviso-Conegliano, Castelfranco Veneto-Vicenza e Padova-Monselice. Il costo previsto (in base al "PROGRAMMA TRIENNALE 2009 - 2011 [...] DI COMPETENZA REGIONALE") per la sola tratta Quarto d'Altino-Portogruaro è pari a 140.000.000 di euro, 56 dei quali regionali.
Secondo quanto emerso da esponenti dell'opposizione regionale e da interrogazioni parlamentari i finanziamenti statali, ottenuti nel 2008, sono stati revocati e dirottati per finanziare la ricostruzione della città de L'Aquila in seguito al terremoto del 2009. I fondi regionali invece non sono stati revocati.
Le tratte della prima fase dell'SFMR dovrebbero entrare in funzione con i criteri SFMR nel 2012.
Per le altre fasi non sono state dichiarate le tempistiche.
